او مدرک کارشناسی‌اش را در سال ۱۹۵۴ از دانشگاه هاروارد دریافت کرد. او تحصیلات تکمیلی‌اش را در اقتصاد در دانشگاه شیکاگو پیگیری کرد. در این دانشگاه نیکسانن زیر نظر استادانی چون میلتون فریدمن و سایر اقتصاددانان برجسته که بعدها در اقتصاد، سیاستگذاری عمومی و حقوق کارهای انقلابی را با عنوان مکتب شیکاگو انجام دادند، تحصیل کرد. او در سال ۱۹۵۵ دوره کارشناسی ارشد و در سال ۱۹۶۲ نیز دوره دکترایش را به پایان رساند. موضوع پایان‌نامه دکترای او درباره اقتصاد فروش نوشیدنی‌های الکلی بود. نیسکانن پس از آنکه در سال ۱۹۷۲ دانشگاه واشنگتن را ترک کرد، به عنوان استاد اقتصاد وارد دانشگاه کالیفرنیا در برکلی شد. او در این دانشگاه تا سال ۱۹۷۵ باقی ماند تا اینکه در این سال به کارخانه فورد رفت. در مدت خدمتش در دانشگاه کالیفرنیا، برکلی به تاسیس دانشکده تحصیلات تکمیلی سیاستگذاری عمومی کمک کرد.
او زمانی که عازم کارخانه فورد شد، به عنوان رئیس اقتصاددان این کارخانه مشغول به فعالیت شد. در آن زمان ریاست کارخانه فورد بر عهده هنری فورد دوم و گردانندگی لی لاکوکا بود. او به خاطر فرهنگ سازمانی فورد و شکست آن به دلیل تبعیت از روندهای مبتنی بر مصرف‌کننده، به سرعت تبدیل به نقطه‌ای بحرانی شد که در این رابطه مساله‌ای همچون میل به استفاده از خودروهایی با مصرف سوخت کاراتر به خاطر افزایش قیمت گاز که ناشی از بحران عرضه نفت در دهه ۱۹۷۰ میلادی بود نیز نقش داشت. سرانجام کارخانه فورد در سال ۱۹۸۰ میلادی عذر نیسکانن را خواست و او از این شرکت اخراج شد. سپس او در دوره ریاست‌جمهوری رونالد ریگان به عضویت شورای مشاوران اقتصادی دولت درآمد. پس از آنکه نیسکانن در سال ۱۹۸۵ از مدیریت ریگان کناره‌گیری کرد، به موسسه لیبرتارین Cato پیوست و تا سال ۲۰۰۸ میلادی در این موسسه ماند. او همچنین از سال ۲۰۰۸ تا ۲۰۱۱ نیز رئیس بازنشسته موسسه Cato شد. قابل توجه است که نیسکانن به عنوان یکی از بسط‌دهندگان برجسته نظریه انتخاب عمومی نیز محسوب می‌شود. این اقتصاددان، سرانجام در ۲۶ اکتبر سال ۲۰۱۱ میلادی در واشنگتن دی سی درگذشت.